I klinikken anvendes medicinsk akupunktur. Dette er en akupunkturform, der er tilpasset nutidig viden om diagnostik, patologi og neurofysiologi. Behandlingen foregår ved, at man stikker tynde sterile nåle ind i hud og muskler. Herved stimuleres nerverne. Dette resulterer i lokal øget blodgennemstrømning og udskillelse af smertedæmpende hormoner. Behandlingen kan også påvirke den mentale oplevelse af symptomer og smerter positivt.
Selvom der er store teoretiske forskelle mellem klassisk akupunktur og medicinsk akupunktur, er der i praksis mange ligheder. For eksempel anvendes mange af akupunkturpunkterne, som er kendt i klassisk akupunktur også i medicinsk akupunktur.
Akupunktur anvendes ofte ved behandling af smerter. Det kan fx være tale om symptomlindrende behandling af spændingshovedpine, migræne og andre muskel- og ledsmerter.